Le rat musqué crée de nombreux dommages aux cultures et aux berges. Il peut être vecteur de certaines maladies. La réglementation impose aux propriétaires de procéder à sa régulation. Néanmoins, elle est l’affaire de tous (propriétaires, piégeurs, exploitants, chasseurs, gardes particuliers, élus...). La régulation est habituellement effectuée par piégeage. La destruction à tir est possible toute l’année.